Die Geschichte von Gozo geht zurück bis 5000 v. Chr., als eine Gruppe aus Sizilien auf die Insel übersetzte. Diese Leute, die Gozo in der neolithischen Zeit (5000 – 4100 v. Chr.) besiedelten, lebten in Höhlen um il-Mixta auf Ghajn Abdul, was darauf hinweisen könnte, dass Gozo schon vor Malta bewohnt war.

Die Tempelperiode (4100 – 2500 v. Chr.) steht für einen wichtigen Wendepunkt in der kulturellen Entwicklung der prähistorischen Menschheit. Die größten Errungenschaften der pre-phönikischen Gozitaner sind ohne Zweifel die Ggantija Tempel (3600 – 3000 BC). Diese Tempel sind als die ältesten Tempel der Welt verzeichnet. Nach dem Verschwinden der Tempelbauer wurde die Insel von einer komplett neuen Rasse wiederbesiedelt. Im Bronzezeitalter (2500 – 700 v. Chr.) befürworteten die Bewohner der Insel, im Gegensatz zu ihren Vorgängern, den Krieg und benutzen Kupfer- und Bronzewerkzeuge sowie Waffen.

In den Jahren 700 – 218 v. Chr. wurden die Phönizier bzw. Karthager von den Häfen der Inseln angelockt und etablierten eine Kolonie auf Malta und Gozo. Ungefähr im Jahre 550 v. Chr. übernahmen die Phönizier aus Karthago, besser bekannt als die Karthager, die Insel und blieben Herr bis 218 v. Chr. Am Anfang des zweiten Punischen Krieges (218 v. Chr.) wurden die Karthager von den Römern (218 v. Chr. – 535 n. Chr.) verdrängt. Diese gründeten auf Gozo einen Stadtstaat, unabhängig von Malta.

Die Byzantiner (535 – 870 n. Chr.) haben unter der Herrschaft des Oströmischen Reichs die Insel Gozo übernommen. Allerdings ist über die byzantinischen Zeiten auf Gozo sehr wenig bekannt.

Im Zeitraum von 870 – 1127 wurden die Araber die alleinigen Herrscher der maltesischen Inselgruppe. Der Aufenthalt der Araber auf der Insel kann belegt werden durch viele arabische Ortsnamen, Familiennamen und vor allem durch den Namen, den sie der Insel Gozo selbst verliehen haben – Ghawdex, welcher sich bis heute durchgesetzt hat.

Die europäische Vorherrschaft (1127 – 1530), die vom Normannen Count Roger geführt wurde, hat die Insel von den Arabern befreit. 1127 nahmen die Normannen offiziell Besitz von der Insel.         Ca. 1397 gründeten die Gozitaner die Universitas Gaudisii, eine Kooperation für die Verteidigung der örtlichen Interessen. Von diesem Zeitpunkt an kämpften die Gozitaner hart, um die alten Privilegien und die Freiheit aufrechtzuerhalten.

In der Epoche der Ritter von St. John (1530 – 1798) wurde die Insel von diesen geführt. Hierbei handelt es sich um einen ritterlich religiösen Orden, der offiziell im Jahre 1133 in Jerusalem gegründet wurde. Später musste die Insel die schlimmste Belagerung der Geschichte erleiden. Die Zitadelle wurde von den Türken von Sinan Oasha belagert. Die gesamte Bevölkerung, ca. 5000 Menschen, wurde versklavt.

Am 10. Juni 1798 verdrängten die Franzosen (1798 – 1800) die Ritter aus Malta. Ihre Herrschaft auf Gozo war jedoch nur von kurzer Dauer. Im September stellten sich die Menschen gegen die Franzosen, welche daraufhin am 18. Oktober 1799 abtraten. Hiernach genossen die Gozitaner eine kurze Zeit der Selbstständigkeit, bis am 5. September 1800 die Briten die Maltesischen Inseln unter ihren Schutz nahmen. Die Briten (1800 – 1964) verwandelten die Insel langsam in eine Festungskolonie.

Am 21. September 1964 wurden Malta und Gozo zu einem hoheitlichen Freiheitsstaat innerhalb des Commonwealth erklärt. 1974 wurde Malta zu einer Republik und am 1. Mai 2004 wurden die Maltesischen Inseln Teil der Europäischen Union.